株式の発行、併合又は分割の場合に交付すべき株式につき1株に満たない部分が発生するときがあります。このとき、その1株に満たない部分については、株式発行法人が一括して売却し、その売却代金を株主に交付することとされています。
この場合、株式発行法人側において、端数株式の一括売却については端数株主全員の共有に属し、株式発行法人は端数株主からその処分を委託されているにすぎないものと認められる為、消費税の課税関係は生じないこととなります。
一方、端数株主側からみると、一括売却に付された端数株式の売却代金は、株主に帰属すべきものですから、株主が株式発行法人から交付を受けた売却代金は有価証券の譲渡の対価に該当し、課税売上割合の計算上、株主はその5％相当額が分母の金額に算入されることとなります。
https://www.nta.go.jp/law/zeiho-kaishaku/shitsugi/shohi/02/32.htm
